Miễn thuế TNDN 3 năm không tự động áp dụng cho mọi công ty mới thành lập. Doanh nghiệp phải đáp ứng tiêu chí doanh nghiệp nhỏ và vừa, đăng ký kinh doanh lần đầu và không thuộc các trường hợp bị loại trừ. Một công ty có vốn điều lệ thấp, ít nhân viên và giấy đăng ký mới vẫn có thể không đủ điều kiện hưởng ưu đãi. Nguyên nhân có thể nằm ở cách thành lập doanh nghiệp, lịch sử kinh doanh của người liên quan hoặc loại thu nhập phát sinh.

Bài viết dưới đây, Kế Toán 247 sẽ giúp giúp chủ doanh nghiệp và kế toán xác định những nội dung cần kiểm tra trước khi áp dụng chính sách.

1. Chính sách miễn thuế TNDN 3 năm áp dụng cho ai?

1.1 Doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu

Khoản 4 Điều 10 Nghị quyết 198/2025/QH15 quy định miễn thuế thu nhập doanh nghiệp cho doanh nghiệp nhỏ và vừa trong 3 năm kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu.

Khoản 3 Điều 7 Nghị định 20/2026/NĐ-CP hướng dẫn về thời gian hưởng và các trường hợp không được áp dụng. Vì vậy, “mới thành lập” là một thông tin cần kiểm tra, chưa phải kết luận được miễn thuế. 

1.2 Không xác định quy mô chỉ bằng vốn điều lệ

Doanh nghiệp nhỏ và vừa bao gồm doanh nghiệp siêu nhỏ, doanh nghiệp nhỏ và doanh nghiệp vừa.

Việc phân loại căn cứ vào lĩnh vực hoạt động, số lao động tham gia BHXH bình quân năm, doanh thu hoặc tổng nguồn vốn theo quy định. Các tiêu chí cụ thể được hướng dẫn tại Nghị định 80/2021/NĐ-CP. Khi rà soát, kế toán cần phân biệt vốn điều lệ với tổng nguồn vốn. Không nên chỉ dựa vào con số trên giấy đăng ký doanh nghiệp để xác định quy mô.

1.3 Miễn TNDN không phải miễn tất cả các loại thuế

Chính sách đang đề cập là miễn thuế thu nhập doanh nghiệp, không phải một cơ chế miễn toàn bộ nghĩa vụ thuế. Doanh nghiệp cần xem xét riêng nghĩa vụ về thuế GTGT, khấu trừ TNCN, hóa đơn và các khoản khác phát sinh. Việc áp dụng ưu đãi cũng không thay thế công việc lập sổ sách và hồ sơ thuế.

2. Vì sao công ty mới không được miễn thuế TNDN 3 năm?

2.1 Không đáp ứng tiêu chí doanh nghiệp nhỏ và vừa

Công ty đăng ký kinh doanh lần đầu nhưng không đáp ứng tiêu chí quy mô thì không thuộc đối tượng hưởng chính sách này. Để tránh kết luận sai, doanh nghiệp nên lập bảng xác định quy mô, ghi rõ lĩnh vực kinh doanh, căn cứ về lao động và số liệu tài chính sử dụng. Bảng kiểm tra cần đi kèm tài liệu chứng minh, thay vì chỉ ghi nhận nhận định “công ty còn nhỏ”.

2.2 Thành lập mới từ việc tổ chức lại hoặc chuyển đổi doanh nghiệp

Ưu đãi không áp dụng đối với doanh nghiệp thành lập mới do:

• Sáp nhập, hợp nhất.
• Chia, tách.
• Chuyển đổi chủ sở hữu.
• Chuyển đổi loại hình doanh nghiệp.

Do đó, khi kiểm tra quyền hưởng ưu đãi, cần xem nguồn gốc hình thành doanh nghiệp, không chỉ ngày cấp giấy đăng ký. 

2.3 Người liên quan thuộc trường hợp loại trừ về lịch sử kinh doanh

Đây là nội dung dễ bị bỏ sót nhất.

Theo điểm b2 khoản 3 Điều 7, cần rà soát người đại diện theo pháp luật, thành viên hợp danh và người có số vốn góp cao nhất tại doanh nghiệp mới.

Trường hợp những người này đã tham gia hoạt động kinh doanh với các vai trò được quy định tại doanh nghiệp khác đang hoạt động, hoặc đã giải thể nhưng chưa đủ 12 tháng tính đến thời điểm thành lập doanh nghiệp mới, doanh nghiệp mới thuộc diện bị loại trừ. Riêng người đại diện theo pháp luật không phải thành viên góp vốn có ngoại lệ trong quy định. Không phải mọi trường hợp từng góp vốn đều bị loại. Cần xác định đúng vai trò, mức vốn góp và tình trạng doanh nghiệp khác. Cũng không nên chỉ kiểm tra chức vụ hiện tại rồi bỏ qua lịch sử đã tham gia kinh doanh.

2.4 Khoản thu nhập không thuộc phạm vi miễn thuế

Điểm b3 khoản 3 Điều 7 loại trừ các khoản thu nhập quy định tại khoản 3 Điều 18 Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15. 

Cần phân biệt hai tình huống:
 

Tình huống	Nội dung cần xử lý
Doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện	Không áp dụng chính sách miễn thuế 3 năm này
Doanh nghiệp đáp ứng điều kiện nhưng có thu nhập bị loại trừ	Kiểm tra riêng từng khoản thu nhập khi tính thuế

Doanh nghiệp không nên miễn thuế cho toàn bộ thu nhập chỉ vì đã xác định mình thuộc nhóm doanh nghiệp nhỏ và vừa.

3. Ba năm miễn thuế được tính từ khi nào?

3.1 Tính liên tục từ năm được cấp đăng ký lần đầu

Theo nguyên tắc tại Nghị định 20/2026/NĐ-CP, thời gian miễn thuế được tính liên tục từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu.

Vì vậy, doanh nghiệp không mặc nhiên chờ đến năm có lãi mới bắt đầu tính thời gian miễn. 

Ví dụ minh họa: Công ty đăng ký lần đầu năm 2026, đáp ứng đầy đủ điều kiện và lựa chọn hưởng ngay từ kỳ đầu. Với kỳ tính thuế theo năm dương lịch, thời gian miễn được xác định cho các năm 2026–2028, không tự động dời sang 2027–2029 chỉ vì năm 2026 chưa có lãi.

3.2 Kỳ đầu dưới 12 tháng có thể lựa chọn kỳ tiếp theo

Khoản 5 Điều 7 cho phép doanh nghiệp có thời gian hoạt động sản xuất, kinh doanh được miễn thuế dưới 12 tháng trong kỳ tính thuế đầu tiên lựa chọn:

• Hưởng miễn thuế ngay từ kỳ đầu tiên.
• Đăng ký với cơ quan thuế để bắt đầu từ kỳ tiếp theo.

Việc chuyển thời điểm bắt đầu cần thực hiện đăng ký, không phải lựa chọn tự động khi lập quyết toán.

Ví dụ, công ty thành lập cuối năm 2026 cần so sánh hai phương án trước khi quyết định. Kế toán nên lưu căn cứ lựa chọn cùng tài liệu đăng ký để thuận tiện giải trình.

3.3 Doanh nghiệp thành lập trước khi chính sách có hiệu lực

Nếu giấy đăng ký được cấp trước thời điểm Nghị quyết 198/2025/QH15 có hiệu lực mà còn thời gian áp dụng ưu đãi, doanh nghiệp đủ điều kiện được hưởng cho thời gian còn lại. Không tính lại một chu kỳ miễn thuế 3 năm mới. 
 

4. Ví dụ công ty mới được hưởng và không được hưởng

Ví dụ 1: Đáp ứng các điều kiện cần kiểm tra

Công ty X đăng ký lần đầu, đáp ứng tiêu chí doanh nghiệp nhỏ và vừa. Những người liên quan không thuộc trường hợp loại trừ; công ty không hình thành từ việc tổ chức lại thuộc diện bị loại.

Khi đó, công ty có căn cứ xem xét ưu đãi cho các khoản thu nhập thuộc phạm vi miễn. Hồ sơ thực tế vẫn cần được kiểm tra đầy đủ trước khi kê khai.

Ví dụ 2: Người góp vốn cao nhất tại hai doanh nghiệp

Ông A là người có số vốn góp cao nhất tại công ty mới Y, đồng thời giữ vai trò này tại công ty Z đang hoạt động.

Tình huống này thuộc trường hợp loại trừ được quy định tại điểm b2. Giấy đăng ký lần đầu của Y không làm thay đổi điều kiện liên quan đến ông A. 

Ví dụ 3: Doanh nghiệp cũ giải thể chưa đủ 12 tháng

Ông B từng là người có số vốn góp cao nhất tại công ty cũ, giải thể ngày 01/6/2026. Ngày 01/10/2026, ông B thành lập công ty mới và tiếp tục là người có số vốn góp cao nhất. Khoảng thời gian giữa hai mốc chưa đủ 12 tháng. Với các dữ kiện này, công ty mới thuộc trường hợp loại trừ nêu trên. 

5. Checklist trước khi áp dụng miễn thuế TNDN 3 năm

Doanh nghiệp có thể sử dụng bảng sau để rà soát:
 

Nội dung	Tài liệu, thông tin cần kiểm tra
Đăng ký lần đầu	Giấy đăng ký và lịch sử hình thành doanh nghiệp
Quy mô	Lĩnh vực, lao động BHXH, doanh thu hoặc tổng nguồn vốn
Người liên quan	Đại diện pháp luật, thành viên hợp danh, người góp vốn cao nhất
Lịch sử kinh doanh	Vai trò tại doanh nghiệp khác, tình trạng hoạt động hoặc giải thể
Thời gian ưu đãi	Kỳ bắt đầu, thời gian còn lại, đăng ký lựa chọn nếu có
Thu nhập	Khoản thuộc phạm vi miễn và khoản bị loại trừ

 

Đây là danh sách phục vụ kiểm tra nội bộ, không phải bộ hồ sơ xin miễn thuế bắt buộc chung. Với tình huống có lịch sử chuyển nhượng vốn hoặc thay đổi người đại diện, nên chuẩn bị đầy đủ diễn biến và tài liệu trước khi đề nghị hướng dẫn.
 

6. Kế Toán 247 hỗ trợ rà soát ưu đãi thuế

Kế Toán 247 hỗ trợ doanh nghiệp kiểm tra điều kiện miễn thuế, xác định thời gian hưởng, rà soát sổ sách và hồ sơ quyết toán. Việc tư vấn dựa trên tình trạng thực tế của từng doanh nghiệp, giúp hạn chế áp dụng nhầm ưu đãi.

Hotline: 0345 631 911
Website: dvketoan247.com.vn
Email: cskh.dvkt247@gmail.com

7. Câu hỏi thường gặp về miễn thuế TNDN 3 năm

7.1 Công ty mới thành lập có tự động được miễn thuế không?

Không. Công ty phải đáp ứng điều kiện về quy mô, đăng ký lần đầu và không thuộc trường hợp loại trừ.

7.2 Chưa có lãi có được lùi thời gian miễn thuế không?

Không tự động. Cần phân biệt nguyên tắc tính liên tục với quyền đăng ký bắt đầu từ kỳ tiếp theo khi kỳ đầu đáp ứng điều kiện dưới 12 tháng.

7.3 Từng góp vốn tại công ty khác có chắc chắn bị loại?

Không thể kết luận chỉ từ việc góp vốn. Phải kiểm tra vai trò, mức vốn góp, lịch sử kinh doanh và tình trạng doanh nghiệp khác.

7.4 Người đại diện pháp luật không góp vốn có ngoại lệ không?

Có ngoại lệ tại điểm b2. Tuy nhiên, vẫn phải rà soát thành viên hợp danh và người có số vốn góp cao nhất của doanh nghiệp.

7.5 Chuyển nhượng vốn tại công ty cũ có giúp công ty mới được miễn?

Không nên mặc nhiên kết luận như vậy. Quy định đề cập lịch sử đã tham gia kinh doanh; cần đối chiếu hồ sơ cụ thể để xác định quyền hưởng.